13000系は03系置換用及び虎ノ門ヒルズ駅開業・ホームドア導入に伴う運用増対応として2016年から2020年に44編成308両が製造されました。ホームドア導入のため、これまでの18m級3扉8両から20m級4扉7両としています。また東武70000系と共同開発となっており、仕様の共通化が図られています。。
全車が近畿車輛製造のアルミダブルスキン構造車体で、主電動機は永久磁石同期電動機を採用しており、制御方式はIGBT-VVVFインバータとなっています。台車は曲線走行時に有利な片軸操舵台車となっており、電動軸と付随軸に分かれていることから各車が0.5M構成のオールM車となっています。車内は各扉上に17インチワイド液晶を3台ずつ設置し、スピーカーは高品質のステレオスピーカーを採用しています。01・02編成はATO準備工事、03編成からは新造時よりATOが搭載され、2020年3月28日より日比谷線内でのATO運転が開始されました。
2018年度途中の72編成より制御方式がSiC-MOSFETを使用したVVVFインバータ制御に変更されています。