253系は成田エクスプレス専用車両として1990年に登場し1991年3月19日に運用を開始しました。
1990年に1次車として3両編成が21本(Ne-01～11・Ne-101～110)、計63両が製造されました。1992年から1996年にかけて2次車～4次車となる中間車36両が製造され、一部編成が6両化されました。2002年に輸送力増強のため5次車として6両編成2本が製造されました。機器統一のため205系からの流用品を使用しています。
2002年～2003年に5次車との客室統一のため従来の編成に対して改造が行われました。3両編成のクロ253はクロハ253となり改番されています。
2009年に後継車となるE259系が登場。10月1日より営業運転が開始され本形式の置き換えが順次始まり、2010年6月30日をもって営業運転を終了しました。
引退した車両のうち3両編成2本は長野電鉄へ譲渡され、200番台2本はVVVF化やリニューアルなどが行われ東武直通用1000番台となりました。