YR-2000形は2000年と2003年に1両ずつ製造されました。18m級の気動車で、YR-1000形と違いトイレと冷房が装備されています。
YR-2001はクロスシートの一般車、YR-2002はロングシートにテーブルが設けられたイベント対応車となっています。またYR-2002は日本宝くじ協会寄贈の宝くじ号となっています。