3000系は1983年から1987年に9編成72両が製造されました。新101系とほぼ同一の3扉車で、制御方式は2000系と同一の界磁チョッパ制御を採用しています。
2010年に3005Fが6両化され初の廃車が発生しました。その後3007Fも6両化され、国分寺線を中心に活躍しました。30000系の増備により2013年からは編成単位での廃車が発生し、2014年3月には3009F・3017Fの小手指転属により新宿線から撤退しました。池袋線からも2014年12月20日のさよなら運転を最後に運用離脱しました。
一部は近江鉄道に譲渡されました。