キハ5000形は旧型車置き換えのため2009年と2013年に2両ずつが新潟トランシスにて製造されました。
片側3扉構造の両運転台車で、単行運転のほか電気指令式ブレーキを採用したキハ2300形やキハ2400形と総括制御が可能となっています。