2000系はキハ181系・キハ185系置換用として1989年から1998年にかけて80両が製造されました。
速度向上のため制御付自然振り子方式を採用し、ステンレス車体により軽量化を図っています。
最初に製造された3両は試作車で「TSE」の愛称が与えられました。1990年からは量産車が製造され、先頭車には幕式の列車愛称表示器が設けられ、前面デザインも一部変更されました。1995年からは高徳線での130km/h運転用にN2000系が製造され、1998年に製造された量産車は運転台が高くなりデザインも変更されました。
南風、しまんと、うずしお、宇和海、あしずりなどで使用されましたが、2600系・2700系の増備により置き換えられ2018年度より廃車が始まりました。2020年7月にはうずしおでの運用を終了、2021年3月には南風、しまんとでの運用を終了しました。