E001形はクルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」用の車両として2016年度に10両が製造されました。用途や車両構造が他の形式と異なることから、車両毎の形式区別やモハなどの略称が付けられず、全車がE001形となっています。
架線集電とディーゼル発電機による電力両方に対応したEDC方式を採用し、架線集電は直流1500V、交流20kV 50/60 Hz、交流25kV 50Hzの4電源方式に対応し青函トンネルを含めたJR東日本・JR北海道ほぼ全ての路線を走行可能となっています。車体は川崎重工製の1～4・8～10号車がアルミニウム合金ダブルスキン構造、総合車両横浜事業所製の5～7号車が二階建てグリーン車と同様のステンレス鋼となっています。
車内は1・10号車が展望車、2～4・8・9号車がスイート個室、5号車がラウンジカー、6号車がダイニングカー、7号車がデラックススイート個室となっています。